H παρακολούθηση της ποιότητας των υδάτων κολύμβησης πραγματοποιείται σύμφωνα με τις διατάξεις της Οδηγίας 2006/7/EΚ, η οποία έχει ενσωματωθεί στην ελληνική νομοθεσία μέσω της με αριθμό Η.Π. 8600/416/Ε103/2009 Κοινής Υπουργικής Απόφασης (ΦΕΚ 356/Β/26-2-2009).
Στόχος της παρακολούθησης είναι η προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος και της δημόσιας υγείας των λουομένων.
Οι ακτές κολύμβησης που παρακολουθούνται είναι εκείνες που συγκεντρώνουν σημαντικό αριθμό λουομένων καθώς και ακτές που παρουσιάζουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον από κάθε άποψη (αναπτυξιακό, αισθητικό, τουριστικό κ.λπ.). Στις παρακολουθούμενες ακτές διενεργούνται αφενός δειγματοληψίες και αναλύσεις για την παρακολούθηση της μικροβιολογικής ποιότητας, σύμφωνα με τις απαιτήσεις της ΚΥΑ και αφετέρου οπτικές παρατηρήσεις για την εκτίμηση της φυσικοχημικής ποιότητας των υδάτων κολύμβησης.
Η Διεύθυνση Υδάτων Βορείου Αιγαίου υλοποιεί το πρόγραμμα παρακολούθησης των υδάτων κολύμβησης των νησιών της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, το οποίο συγχρηματοδοτείται από εθνικούς πόρους και την Ευρωπαϊκή Ένωση μέσω του Ευρωπαϊκού Ταμείου Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ), στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014-2020 – Ε.Π. «Βορείου Αιγαίου» 2014-2020, για τα έτη 2016 – 2022.
